Если попытаться представить слой наглядно, то он будет напоминать, очевидно, прозрачный слайд с нанесённым на него изображением. Можно взять несколько слайдов, наложить их друг на друга в разной последовательности, подвигать, упорядочить и с этого напечатать фотографию - примерно так упрощённо и выглядит работа со слоями.

Именно примерно, т.к. наши слои - совсем не слайды, а лишь набор пикселов разной освещённости и цвета (цвет же это лишь цифровые координаты на площади цветового пространства, не более того), и править их можно более гибко: уменьшить или увеличить масштаб (Edit > Transform > Scale), продублировать (Layer > Duplicate Layer), выбрать варианты наложения слоёв друг на друга (в выпадающем меню прямо под словом Layers в палитре слоёв), изменить прозрачность или заполнение слоя цветом (два ползунка в палитре слоёв), частично затереть содержимое слоя (ластик) или наложить маску. Бывают также не только слои с изображением, но и слои корректирующие - их особенность состоит в том, что вы не вносите правку в исходное изображение (доступна только чать параметров, зато основная для фотографа, в том числе, кривые, уровни, изменение цвета, яркости и контрастности, наложение фильтров, баланс цвета и пр.), и можете всегда посмотреть разницу и убрать ненужное.

Итак, рекомендации:

1. Старайтесь никогда не вносить правку непосредственно в исходное изображение. Сразу после открытия файла лучше дублировать слой (Layer > Duplicate Layer или Ctrl+J, можно просто перетащить нужный слой на иконку "новый слой"). После этого уберите символ "глаз" у слоя фона, чтобы он своей видимостью не вводил вас в заблуждение.

2. При применении правки ко всему слою целиком - уровней, цветобаланса, кривых, насыщенности и пр. - лучше использовать корректирующие слои. Выбираем в меню: Layer / Слои > New adjustment layer / Новый корректирующий слой > далее по вкусу (можно просто нажать на в палитре слоёв и выбрать нужный). Это лучше по нескольким параметрам... Во-первых, корректирующий слой всегда можно продублировать, во-вторых, изменить его прозрачность или смешивание с главным (к примеру, применить только к светлым областям изображения - см. Layer / Слой > Blending Options / Варианты смешивания), в-третьих, всегда можно подрегулировать (особенно актуально, если вам показалось, что контрастности или цветов вы добавили много и хотите сделать поменьше). И наконец, корректирующий слой всегда можно отключить.

3. Используйте маски слоя, как для корректирующих слоёв (вставляется автоматически при добавлении слоя), так и для слоёв с изображением. Добавляется маска через меню: Layer / Слой > Layer Mask / Маска слоя > Reveal all / Показать все (либо нажмите на кнопку в палитре слоёв). Далее запоминаем, что всё, закрашенное чёрным в маске, будет невидимым на слое, белым - видимым. Соответственно, разные оттенки серого - разная степень прозрачности. В обычном режиме маски не видно, но если переключиться в палитру каналов и поставить "глаз" у последнего, вы увидите вашу маску, только в привычном для фотографа красном цвете вместо чёрного. Рисовать чёрным можно разными способами: чёрной кистью, к примеру, с различной степенью заполнения и жёсткости, градиентами, заливкой цветом и т.д. Можно также дублировать слой исходного изображения, обесцветить его, скорректировать контраст и яркость и, выбрав предварительно нужную маску, вставить это изображение внутрь (Image / Изображение > Apply Image / Применить изображение). Маски, нарисованные от руки, желательно бывает размывать для получения полутонов (Filters / Фильтры > Blur / Размытие > Gaussian blur / Размытие по Гауссу).

Данный способ очень актуален, в частности, для выборочного шарпинга: дублируете слой, шарпите его, потом по маске замазываете чёрным всё ненужное, маску размываете. Так вы добъётесь того, что, скажем, небо, будет избавлено от ненужного шарпинга (и шума, соответственно), а камни, к примеру, наоборот, его получат. Пример выборочного шарпинга:

было:

стало:

Намеренно перешарплены те части дисков, которые попали в фокус - остальное нетронуто.

Извините, что мало конкретных приёмов - остальное будет позже.